Ιωάννης Καποδίστριας
O Ιωάννης Καποδίστριας, πίνακας του Διονύσιου Τσόκου
1ος Κυβερνήτης της Ελληνικής πολιτείας
Περίοδος 18 Ιανουαρίου 1828 – 27 Σεπτεμβρίου 1831
Προκάτοχος	Ανδρέας Ζαΐμης (Αντικυβερνητική Επιτροπή)
Διάδοχος	Αυγουστίνος Καποδίστριας Θεόδωρος Κολοκοτρώνης Ιωάννης Κωλέττης
Προσωπικά στοιχεία
Γέννηση	10 Φεβρουαρίου 1776 Κέρκυρα
Θάνατος	9 Μαρτίου 1831 (55 ετών) Ναύπλιο
Εθνικότητα	Ελληνική

Ο Κόμης Ιωάννης Καποδίστριας (Ρωσικά: граф Иоанн Каподистрия, Ιταλικά: Giovanni Capo d'Istria, Κέρκυρα, 10 Φεβρουαρίου 1776 - Ναύπλιο 9 Οκτωβρίου 1831) ήταν Έλληνας διπλωμάτης και πολιτικός. Διετέλεσε πρώτος κυβερνήτης της Ελλάδας κατά τη μεταβατική περίοδο και ενώ τελούσε υπό την προστασία των Μεγάλων Δυνάμεων και νωρίτερα υπουργός εξωτερικών της Ρωσικής Αυτοκρατορίας.
Καταγόταν από αριστοκρατική οικογένεια με πολιτική παράδοση γι'αυτό και αναμείχθηκε με την πολιτική ήδη από το 1803, οπότε και διορίστηκε γραμματέας της επικράτειας της Ιονίου Πολιτείας. Με την κατάληψη των Επτανήσων από τους Γάλλους αποσύρθηκε και εντάχθηκε στη ρωσική διπλωματική υπηρεσία. Εκεί ανέλαβε σημαντικές θέσεις καταφέρνοντας να αναδειχθεί σε υπουργό εξωτερικών της Ρωσικής Αυτοκρατορίας από το 1815 έως το 1822, οπότε και υποχρεώθηκε σε παραίτηση λόγω της επανάστασης του 1821. Στις 14 Απριλίου 1827 η Εθνική Συνέλευση της Τροιζήνας τον επέλεξε πρώτο κυβερνήτη της Ελλάδας, θέση από την οποία ήρθε σε τριβή με τους τοπικούς αξιωματούχους με αποτέλεσμα την δολοφονία του στις 9 Οκτωβρίου 1831 στο Ναύπλιο από τον αδελφό και τον υιο του Πετρόμπεη Μαυρομιχάλη, σε αντίποινα της φυλάκισης του τελευταίου. Ως κυβερνήτης της Ελλάδας προώθησε σημαντικές μεταρρυθμίσεις για την ανόρθωση της κρατικής μηχανής, καθώς και για τη θέσπιση του νομικού πλαισίου της πολιτείας, απαραίτητου για την εγκαθίδρυση της τάξης. Επίσης, αναδιοργάνωσε τις ένοπλες δυνάμεις υπό ενιαία διοίκηση.

Πρώιμα χρόνια

Γεννήθηκε στην Κέρκυρα στις 10 Φεβρουαρίου του 1776 και ήταν το έκτο παιδί του Αντωνίου - Μαρία Καποδίστρια, δικηγόρου στο επάγγελμα, και της Διαμαντίνας Γονέμη, κόρη αριστοκρατικής οικογένειας με καταγωγή από την Κύπρο. Καταγόταν από παλιά κερκυραϊκή οικογένεια και συγκεκριμένα από τους Καποδίστρια της συνοικίας των τειχών (de la contrada delle mura). Η καταγωγή των Καποδίστρια ήταν από το ακρωτήριο Ίστρια της Αδριατικής (Capo d'Istria), ενώ κατ'άλλους από τη Βενετία. Όλοι οι απόγονοι του Νικολάου και Αντωνίου Καποδίστρια είχαν το δικαίωμα να φέρουν τον τίτλο του κόμη, τίτλος που τους είχε απονείμει ο Κάρολος Εμμανουήλ Β΄, δούκας της Σαβοΐας και βασιλιάς της Κύπρου, το 1689. Η αναγνώριση του τίτλου από τη Δημοκρατία της Βενετίας πραγματοποιήθηκε μόλις την 1η Ιουλίου 1796. Και η οικογένεια Καποδίστρια και η οικογένεια Γονέμη ήταν γραμμένες στη Χρυσή Βίβλο (Libro d'Oro) από το 1679 και από το 1606 αντίστοιχα. Ανάδοχός του ήταν ο Κώστας Αδάμης.
Φοίτησε στο μοναστήρι της Αγίας Ιουστίνης, όπου έμαθε Λατινικά, Ιταλικά και Γαλλικά και στη συνέχεια εγκαταστάθηκε στη Βενετία. Την περίοδο 1795-1797 σπούδασε Ιατρική στο πανεπιστήμιο της Πάντοβα. Μετά το πέρας των σπουδών του επέστρεψε αμέσως στην Κέρκυρα όπου άσκησε το ιατρικό επάγγελμα αφιλοκερδώς. Στις 12 Απριλίου 1799 διορίστηκε από τον ναύαρχο Καντίρ διευθυντής του οθωμανικού νοσοκομείου.

Ιόνιος Πολιτεία

Η πρώτη εμπλοκή του Ιωάννη Καποδίστρια με τα κοινά της Ιονίου Πολιτείας έγινε μέσω του πατέρα του όταν και κλήθηκε να τον αντικαταστήσει. Ο Αντώνιος - Μαρία Καποδίστριας είχε αναλάβει μαζί με τον Νικόλαο Σιγούρο να αποκαταστήσει την τάξη στα νησιά του Ιονίου και να εφαρμόσει το σύνταγμα. Λόγω όμως προσωπικού κωλύματος του δεύτερου, αντικαταστάθηκε από τον Ιωάννη Καποδίστρια. Στις αρχές Μαΐου έφτασε με τον Σιγούρο στην Κεφαλονιά, όπου η κατάσταση είχε ξεφύγει από τον έλεγχο λόγω της διαμάχης των τοπικών οικογενειών για την κατάληψη της εξουσίας. Αφού κατάργησαν την τοπική κυβέρνηση, ως αυτοκρατορικοί επίτροποι, ανέλαβαν οι ίδιοι προσωπικά την εξουσία του νησιού. Μέχρι το τέλος Ιουνίου, ο Καποδίστριας και ο Σιγούρος είχαν καταφέρει να εδραιώσουν την τάξη και να αντιμετωπίσουν αποτελεσματικά τους στασιαστές. Η παραμονή τους παρατάθηκε μέχρι και τις αρχές Σεπτεμβρίου, οπότε και επέστρεψαν στην Κέρκυρα.
Τον Ιούνιο του 1802 ίδρυσε μαζί με άλλους τον Εθνικό Ιατρικό Σύλλογο, στον οποίο εξελέγη γραμματέας. Τον Οκτώβριο του ίδιου έτους στάλθηκε από τους Ρώσους, που είχαν πια την εξουσία στα Επτάνησα, στην Κεφαλονιά για να επιβάλλει για ακόμη μια φορά την τάξη. Στη συνέχεια επέστρεψε στην Κέρκυρα για να διοριστεί τον Απρίλιο του 1803 γραμματέας του Κράτους, μαζί με τους Φιλικούς Γεροστάθη και βαρώνο Ιωάννη Κεφαλά, στο τμήμα των εξωτερικών υποθέσεων, η αρμοδιότητα του οποίου ήταν η αλληλογραφία με τους επιτετραμμένους της Δημοκρατίας στο εξωτερικό. Στις 24 Νοεμβρίου εκφώνησε εκ μέρους της γερουσίας τον επικήδειο του Σπυρίδωνος Γεωργίου Θεοτόκη, προέδρου της Επτανησιακής Γερουσίας. Τον Μάιο του 1805, ύστερα από πρόταση του Ρώσου πληρεξούσιου, η γερουσία εξέλεξε 10μελή επιτροπή, στην οποία συμπεριλαμβανόταν και ο Ιωάννης Καποδίστριας, προκειμένου να συντάξει έκθεση με τις διατάξεις του συντάγματος που θα έπρεπε να αναθεωρηθούν. Η έκθεση παραδόθηκε τον επόμενο χρόνο και οι μεταρρυθμίσεις εγκρίθηκαν λίγους μήνες αργότερα. Τον Μάιο του 1806 έληξε η θητεία του ως γραμματέας του κράτους και τον επόμενο μήνα ανέλαβε τη διεύθυνση της δημόσιας σχολής της Δημοκρατίας, που είχε ιδρυθεί με δική του πρωτοβουλία.
Στις εκλογές του 1806 ο Ιωάννης Καποδίστριας εξελέγη όγδοος σε ψήφους στην Κέρκυρα. Εδώ πρέπει να σημειωθεί ότι ο Καποδίστριας διατηρούσε άριστες σχέσεις με τον Ρώσο πληρεξούσιο Μοτσενίγου, του οποίου ήταν προστατευόμενος. Εξελέγη γραμματέας της γερουσίας και στη συνέχεια γραμματέας και εισηγητής της επιτροπής που θα συνέτασσε το σχέδιο του νέου συντάγματος. Από τη θέση αυτή ήρθε σε διαφωνία με τον Ρώσο πληρεξούσιο, καθώς οι αλλαγές που πρότεινε ο πρώτος ήταν κατά πολύ πιο φιλελεύθερες σε σχέση με αυτές της ρωσικής αυλής. Παρ'όλα αυτά και μπροστά στο αδιέξοδο που δημιουργήθηκε ο Καποδίστριας εισηγήθηκε στη γερουσία την ψήφιση του συντάγματος με το επιχείρημα ότι κανένα άλλο σύνταγμα δεν είχε εγκριθεί και ότι μόνο αυτό που είχε προτείνει ο Μοτσενίγου θα τύγχανε έγκρισης από τη ρωσική αυλή.
Στις 2 Ιουνίου 1807 η γερουσία τον διόρισε έκτακτο επίτροπο στην Αγία Μαύρα (Λευκάδα) με ουσιαστικό σκοπό την άμυνα του νησιού από τους Οθωμανούς. Ουσιαστικά βρισκόταν υπό τις διαταγές του Ρώσου στρατηγού, ανήκε δηλαδή στη ρωσική υπηρεσία. Μαζί με τον Καποδίστρια έφτασαν 300 Ρώσοι στρατιώτες, καθώς και ο μητροπολίτης Άρτας Ιγνάτιος. Υπό την προστασία των Ρώσων συνεργάστηκε με τους αρματολούς οργανώνοντας μάλιστα και την περίφημη μυστική συνέλευση των κλεφτοαρματωλών που συμμετείχαν όλοι οι οπλαρχηγοί που είχαν καταφύγει στη Λευκάδα (Βαρνακιώτης, Μπουκουβάλας, Μπότσαρης). Στη συνέλευση αυτή ο Καποδίστριας αναγνώρισε τον Αντώνη Κατσαντώνη ως γενικό αρχηγό των κλεφτών στη Δυτική Ελλάδα. Η συνθήκη όμως του Τιλσίτ μεταξύ Ρώσων και Γάλλων επανέφερε το παλαιό καθεστώς, με αποτέλεσμα ο Καποδίστριας να ανακληθεί πίσω στην Κέρκυρα και οι Έλληνες οπλαρχηγοί να απομονωθούν παρά τις ρητές οδηγίες του προς τη γερουσία με τις οποίες συμβούλευε το σώμα να κρατήσει ανεκτική στάση απέναντι στους κλέφτες, έτσι ώστε οι τελευταίοι αφενός να φθείρουν τα στρατεύματα του Αλή Πασά και αφετέρου να τον κρατούν μακριά από τη Λευκάδα.
Αν και ο Γάλλος στρατηγός Berthier του προσέφερε αρκετά αξιώματα, ο Καποδίστριας αρνήθηκε να τα δεχτεί προσμένοντας κάποια καλύτερη πρόταση από τη Ρωσία, με τους αξιωματούχους της οποίας διατηρούσε άριστες σχέσεις.
Η περίοδος 1798 έως 1800, θεωρείται από τους βιογράφους του ιδιαιτέρως σκοτεινή. Ίσως τότε να εντάχθηκε σε κάποια Τεκτονική Στοά, όπως αυτή του Φοίνικοςστην Κέρκυρα, ή του Αστέρος της Ανατολήςτης Ζακύνθου. Αν και συχνά η Τεκτονική βιβλιογραφία τον παρουσιάζει ως ενεργό μέλος κάποιας Στοάς, ισχυρές αποδείξεις δεν έχουν προκύψει, παρά το γεγονός ότι ισχυροί φίλοι του, όπως ο Α. Δάνδολος, ήταν γνωστοί τέκτονες, και η υπογραφή του είχε τα χαρακτηριστικά μασονικής υπογραφής. Η μόνη ίσως ένδειξη είναι που έλαβε ο ερευνητής Π. Κρητικός από τη Μεγάλη Στοά της Ελβετίας Alpina το 1965 ότι ο Καποδίστριας ήταν μέλος της Στοάς Modestie της Ζυρίχης.

Διπλωματική σταδιοδρομία

Η πρόταση που περίμενε από τη Ρωσία ήρθε τον Μάιο του 1808, όταν ο Κόμης Νικόλαος Πέτροβιτς Ρουμιάντσεφ, επικεφαλής του υπουργείου εξωτερικών της Ρωσικής Αυτοκρατορίας, του έστειλε επιστολή με την οποία, αφού του ανακοίνωνε ότι τιμήθηκε με τον τίτλο του ιππότη Β'Τάξεως του τάγματος της Αγίας Άννας, τον προσκαλούσε στην Αγία Πετρούπολη, όπου έφτασε τον Ιανουάριο του επόμενου έτους. Αρχικά ο Ρουμιάντσεφ τον διόρισε επιτετραμμένο στην αυλή του αντιβασιλιά της Ιταλίας, διορισμός όμως που ακυρώθηκε. Τελικώς διορίστηκε στο Υπουργείο Εξωτερικών ως κρατικός σύμβουλος. Αφού παρέμεινε για δύο χρόνια στην Αγία Πετρούπολη, διορίστηκε στις 20 Αυγούστου 1811 ακόλουθος στην πρεσβεία της Βιέννης, θέση στην οποία παρέμεινε μέχρι τον Μάιο του 1812. Επόμενος σταθμός στην πορεία του ήταν το Βουκουρέστι, όπου διορίστηκε ως αξιωματούχος με πολιτικά καθήκοντα στη στρατιά του Δούναβη. Εκεί συνδέθηκε με τον ναύαρχο Τσιτσαγκώφ, του οποίου έγινε σύμβουλος και διευθυντής του διπλωματικού του γραφείου. Για τις υπηρεσίες του αυτές τιμήθηκε με τον βαθμό του κρατικού συμβούλου εν ενεργεία. Την ίδια εποχή ο ναύαρχος Τσιτσαγκώφ αντικαταστάθηκε λόγω δυσμένειας από τον στρατηγό Μπαρκλάυ ντε Τόλλυ (Barclay de Tolly) χωρίς όμως αυτό να επηρεάσει τον Καποδίστρια, στον οποίο απονεμήθηκε το παράσημο Γ'Τάξεως του Αγίου Βλαδίμηρου. Τον Οκτώβριο του 1813 παρασημοφορήθηκε από τον Τσάρο με τον μεγαλόσταυρο της Αγίας Άννας.
Η άνοδος του Καποδίστρια στη ρωσική αυτοκρατορική αυλή επιβεβαιώθηκε με τον διορισμό του πρώτου από τον Τσάρο Αλέξανδρο ως μυστικού απεσταλμένου στην Ελβετία με σκοπό να προσεταιριστεί την φιλικά προσκείμενη προς την Γαλλία κυβέρνηση. Εκτός από τον Καποδίστρια, διορίστηκε και ο βαρόνος Lebzeltern, εκ μέρους της αυστριακής πλευράς, καθώς η αποστολή ήταν κοινή. Παρόλα αυτά οι σκοποί δεν ήταν ακριβώς ίδιοι, καθώς οι Ρώσοι ενδιαφέρονταν να εξασφαλίσουν την ουδετερότητα και την ανεξαρτησία της Ελβετίας, ενώ οι Αυστριακοί να εγκαθιδρύσουν φίλα προσκείμενη κυβέρνηση και να εξασφαλίσουν άδεια διέλευσης των αυστριακών στρατευμάτων από την ελβετική επικράτεια. Ο Lebzeltern εργάστηκε μυστικά υπό τις οδηγίες του Μέτερνιχ προκειμένου να επιτύχει τους σκοπούς του. Στις 20 Δεκεμβρίου 1813 κάλεσε τον Καποδίστρια και του ζήτησε να υπογράψει διακοίνωση, με την οποία τα συμμαχικά στρατεύματα θα επιτρεπόταν να εισέλθουν στην ελβετική επικράτεια μέχρι να εξασφαλίσουν τα εδάφη που η Γαλλία είχε αποσπάσει από την Ελβετία. Ο Καποδίστριας, αντιλαμβανόμενος ότι η διακοίνωση ήταν έργο της αυστριακής κυβέρνησης, αρνήθηκε να την υπογράψει, αλλά λίγο αργότερα άλλαξε γνώμη. Αφού την υπέγραψε εκ μέρους της ρωσικής πλευράς, αποχώρησε για την Βάδη, όπου βρισκόταν το στρατηγείο του Τσάρου. Ο τελευταίος περίμενε ότι ο Καποδίστριας δεν θα είχε υπογράψει τη διακοίνωση. Εξεπλάγη, όμως, όταν ο νεαρός διπλωμάτης του ανέφερε ότι έπραξε το αντίθετο. Σύμφωνα με τον Καποδίστρια, η ανακοίνωση της διακοίνωσης και η εισβολή του αυστριακού στρατού στην Ελβετία, θα είχαν ως αποτέλεσμα τον διχασμό των κατοίκων και παράλληλα να παρουσιαστούν οι Αυστριακοί ως υποκινητές πραξικοπήματος. Συνέστησε μάλιστα στον Τσάρο να ζητήσει την αποκήρυξη της διακοίνωσης, μιας και οι Αυστριακοί δε θα μπορούσαν να επικαλεστούν την υπογραφή του μυστικού πράκτορά τους, πράγμα το οποίο και έγινε. Το αποτέλεσμα των διπλωματικών κινήσεων του Καποδίστρια ήταν οι Αυστριακοί να χάσουν κάθε έρεισμα στην Ελβετία, η οποία εξασφάλισε την ουδετερότητα και την ανεξαρτησία της.
Οι διπλωματικές εξελίξεις στη Ζυρίχη συνεχίζονταν χωρίς όμως κάποιο συγκεκριμένο αποτέλεσμα, αφού τα ομόσπονδα κράτη της Ελβετίας διαφωνούσαν μεταξύ τους. Ο Τσάρος Αλέξανδρος διόρισε τον Καποδίστρια έκτακτο απεσταλμένο του και πληρεξούσιο υπουργό για την Ελβετία. Από τη θέση αυτή συνεισέφερε στο ελβετικό σύνταγμα, που προέβλεπε αυτόνομα κρατίδια (καντόνια) σαν μέλη της Ελβετικής ομοσπονδίας, με προσωπικά προσχέδια. Συγκεκριμένα, απέστειλε υπόμνημα προς τον πρόεδρο της Δίαιτας (βουλής) με τα βασικά στοιχεία που θα έπρεπε να περιέχει το σύνταγμα. Πράγματι, κατά το μεγαλύτερο μέρος του, το υπόμνημα ακολουθήθηκε. Να σημειωθεί επίσης ότι η συμμετοχή της Γενεύης στο νέο αυτό κρατίδιο ήταν καθαρά δική του πρωτοβουλία. Στη συνέχεια πήγε στο Παρίσι προκειμένου να συνομιλήσει με τον Τσάρο για το θέμα των Επτανήσων, δίχως όμως να λάβει κάποια διαβεβαίωση. Κατά την παραμονή του παρασημοφορήθηκε με τον σταυρό β΄ τάξεως, του Αγίου Βλαδίμηρου. Στις αρχές Σεπτεμβρίου πραγματοποιήθηκε το Συνέδριο της Βιέννης, συνέδριο σταθμός για την ευρωπαϊκή ιστορία, στο οποίο συμμετείχε ως μέλος της ρωσικής αντιπροσωπίας. Στα τέλη του 1814 διορίστηκε αντιπρόσωπος της Ρωσίας στις επίσημες συνεδριάσεις της επιτροπής των πέντε, ενώ τιμήθηκε με τον μεγαλόσταυρο του Λεοπόλδου και τον μεγαλόσταυρο του Ερυθρού Αετού από τον βασιλιά της Αυστρίας και της Πρωσίας αντίστοιχα. Η παρουσία του Καποδίστρια στη Βιέννη πρέπει να θεωρείται καταλυτική, καθώς με τις συμβουλές του επηρέαζε αποφασιστικά τον Τσάρο. Κατά τον ιππότη φον Γκεντς, σύμβουλο του Μέττερνιχ, η τελική πράξη του συνεδρίου που υπογράφηκε τον Μάιο του 1815 ήταν δημιούργημα του Καποδίστρια και του ιδίου.
Σχετικά με τη στάση του Καποδίστρια στα ελληνικά ζητήματα είναι απαραίτητο να αναφερθεί το συγκεκριμένο περιστατικό: σε κάποια στιγμή των εργασιών του συνεδρίου θεώρησε ότι ήταν και η καταλληλότερη στιγμή να θέσει υπόψη του συνεδρίου το ζήτημα των Ελλήνων που παρέμεναν υπό τον τουρκικό ζυγό. Τότε πλησιάζοντας τον Αυτοκράτορα Αλέξανδρο του μίλησε ιδιαιτέρως προκειμένου εκείνος ν΄ αναλάβει την πρόνοια υπέρ των Ελλήνων προσθέτοντας μεταξύ άλλων ότι οι Έλληνες μετά τον Θεό θεωρούν προστάτη τους μόνο την ομόθρησκη Αυτοκρατορία (Ρωσία). Τότε ο Τσάρος του έδωσε την άδεια να θέσει το ζήτημα σε μία των συνεδριάσεων και στη συνέχεια θ΄ αναλάμβανε εκείνος το βάρος. Πράγματι ο Καποδίστριας στην αμέσως επόμενη συνεδρίαση λαμβάνοντας τον λόγο είπε: «Νομίζω πως χρέος των Μεγαλειοτάτων είναι να λάβετε οποιαδήποτε πρόνοιαν και δια το καταδυναστευόμενον ελληνικόν έθνος παρά της Οθωμανικής εξουσίας, το οποίον υποφέρει τόσους αιώνας τον τυραννικόν οθωμανικόν ζυγόν και το οποίον διακινδυνεύει να πέση εις την τελευταίαν εξόντωσιν και τον μηδενισμόν, όθεν δεν μου φαίνεται δίκαιον το να αδιαφορήσουν οι Βασιλείς.». Τότε ο Μέττερνιχ, που καλλιεργούσε αντιλαϊκά πνεύματα, σηκώθηκε και απαντώντας στον Ρώσο διπλωμάτη Καποδίστρια με έντονο ειρωνικό, προσβλητικό αλλά και απειλητικό τρόπο είπε: «Κύριε Κόμη! Η Ευρώπη δεν γνωρίζει Έλληνας, γνωρίζει την Οθωμανικήν Αυτοκρατορίαν υπό της οποίας την εξουσίαν είναι οι κατοικούντες σ΄ αυτήν Έλληνες. Δια τούτο φαίνεται, Κύριε Κόμη, υποστήριξες τόσον, και άφησες εκτός Συνδέσμου της Ιεράς Συμμαχίας, το απέραντον Οθωμανικόν Κράτος, αλλά δεν θα επιτύχεις τις ελπίδες σου περί τούτων». Τότε ο Αυτοκράτορας Αλέξανδρος θεωρώντας την προσβολή αυτή του αντιπροσώπου του ως ενάντια του προσώπου του εγέρθηκε και με έντονη φωνή διέκοψε τον Μέττερνιχ λέγοντάς του: «Οι Έλληνες διά της Θείας Πρόνοιας και της Ευρωπαϊκής αιχμής ενόπλου βοήθειας θέλουν ελευθερωθούν ταχέως και συμφώνως προς τα αρχαία πατρογονικά των δίκαια, θα μείνουν ελεύθεροι, αυτόνομοι και ανεξάρτητοι.»Κατόπιν αυτών ο μεν Καποδίστριας δεν συνέχισε την ομιλία του αλλά και ούτε ο Μέττερνιχ τόλμησε ν΄ απαντήσει, στη δε δημιουργηθείσα εκείνη ένταση που φαίνεται πως μάλλον επέφερε κάποια διακοπή, ανέλαβε στη συνέχεια ο αρχηγός της ρωσικής αντιπροσωπίας Νέσελροντ να θέσει αντιπρόταση επί της εισήγησης του Καποδίστρια της οποίας ακολούθησαν διάφορες ανταλλαγές απόψεων, που εκλήφθηκαν τελικά μόνο ως βολιδοσκοπήσεις των άλλων Ηγεμόνων, επί του ελληνικού ζητήματος, χωρίς να ληφθεί σχετική απόφαση.
Το 1815 ίδρυσε τη Φιλόμουσο εταιρεία μαζί με τον Μητροπολίτη Ιγνάτιο, τον Άνθιμο Γαζή, τον Στούρτζα κ.α. και σκοπός της ήταν να βοηθήσει νεαρούς Έλληνες να σπουδάσουν. Τα μέλη αυτής ήταν με το πλευρό των Ρώσων γι΄ αυτό και η αυστριακή αστυνομία παρακολουθούσε τις δραστηριότητές της. Με την είσοδο των συμμαχικών δυνάμεων στο Παρίσι μετά την μάχη του Βατερλώ, ο Καποδίστριας ανέλαβε την εκπροσώπηση της Ρωσίας στην ομώνυμη συνδιάσκεψη, όπου προσπάθησε να επιβάλει τις ρωσικές απόψεις, πετυχαίνοντας την ακεραιότητα της Γαλλίας και την επιβολή συνταγματικής διακυβέρνησης στα Επτάνησα. Με δική του παρέμβαση πέτυχε οι Ηνωμένες πολιτείες των Ιόνιων Νήσων να αποκτήσουν τα βασικά χαρακτηριστικά κράτους δηλαδή σύνταγμα, ένοπλες δυνάμεις, εκλεγμένη κυβέρνηση και σημαία. Η συνθήκη της 5ης Νοεμβρίου 1815 αποτελεί μια από τις σημαντικότερες επιτυχίες στην προσωπική διαδρομή του Καποδίστρια.
Μετά τη συνδιάσκεψη των Παρισίων ο Τσάρος διόρισε τον Καποδίστρια γραμματέα επί των εξωτερικών υποθέσεων. Εδώ πρέπει να σημειωθεί ότι ήδη από το 1814 ο Τσάρος Αλέξανδρος είχε αποφασίσει να αφήσει κενή τη θέση του υπουργού εξωτερικών και να χειριστεί μόνος του την εξωτερική πολιτική διορίζοντας όμως ως γραμματέα του επί των εξωτερικών υποθέσεων τον Νέσελροντ. Τον επόμενο χρόνο διόρισε και δεύτερο γραμματέα, αυτή τη φορά τον Καποδίστρια. Ο Νέσελροντ είχε χάσει την αυτοκρατορική εύνοια από καιρό, οπότε ουσιαστικός διαχειριστής των εξωτερικών υποθέσεων ήταν ο Καποδίστριας, ο οποίος συμβούλευε τον Τσάρο για όλα τα θέματα. Ως γραμματέας πλέον επί των εξωτερικών, ο Καποδίστριας συμμετείχε στο συνέδριο του Άαχεν και στη διάσκεψη του Κάρλσμπαντ. Μετά το τέλος των διπλωματικών του υποχρεώσεων ζήτησε και έλαβε άδεια για να ταξιδέψει στην πατρίδα του, την Κέρκυρα. Μετά από παραμονή δύο μηνών αναχώρησε για την Ιταλία και στη συνέχεια για το Λονδίνο, όπου έτυχε ψυχρής υποδοχής. Στις συζητήσεις του με τους Άγγλους αξιωματούχους σχετικά με το ζήτημα των Ιονίων νήσων δε βρήκε ανταπόκριση με αποτέλεσμα να αποχωρήσει άπρακτος για την Αγία Πετρούπολη.
Το 1820 και 1821 συμμετείχε στα συνέδριο του Τροππάου και του Λάιμπαχ. Στα δύο αυτά συνέδρια ο Τσάρος Αλέξανδρος επηρεασμένος από το Μέττερνιχ ακολούθησε την πολιτική της Αυστρίας παραμερίζοντας σε μεγάλο βαθμό τον Καποδίστρια. Στο συνέδριο του Λάιμπαχ ήρθε η είδηση για την εξέγερση του Αλέξανδρου Υψηλάντη και την επανάσταση στη Μολδοβλαχία. Ο Υψηλάντης μάλιστα απέστειλε επιστολή στον Τσάρο ζητώντας του τη βοήθειά του. Η απάντηση του Τσάρου ήταν η επίσημη καταδίκη της Επανάστασης, η απόταξη του Αλ.Υψηλάντη και η άδεια εισόδου του Τουρκικού στρατού στις Ηγεμονίες, μέτρα που στον Υψηλάντη ειδικά ανακοινώθηκαν με επιστολή γραμμένη και υπογεγραμμένη από τον Καποδίστρια. Παρ'όλα αυτά, ο Καποδίστριας μυστικά πίεζε τον Τσάρο να ταχθεί υπέρ των Ελλήνων. Στο δε συνέδριο έδωσε πραγματική μάχη για να μην αποσταλεί βοήθεια προς την Οθωμανική Αυτοκρατορία και οι ξένες δυνάμεις να κρατήσουν αυστηρή ουδετερότητα. Σε αυτό το πλαίσιο κινήσεων εξηγείται και το τελεσίγραφο που επέδωσε ο Ρώσος πρεσβευτής στην Κωνσταντινούπολη στο Σουλτάνο ύστερα από τον απαγχονισμό του Πατριάρχη Γρηγορίου Ε΄ και τις σφαγές των Ελλήνων. Η διαφωνία μεταξύ Τσάρου και Καποδίστρια δεν άργησε να εκδηλωθεί. Ο δεύτερος υποστήριζε την ανάληψη μονομερούς ενέργειας κατά της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας, ενώ ο πρώτος ενδιαφερόταν μόνο για τη στάση του Λονδίνου. Από τα τέλη του 1821 ο Καποδίστριας είχε χάσει την αυτοκρατορική εύνοια και στις αρχές του 1822 ο Τσάρος αποφάσισε να αφαιρέσει τη διαχείριση του ανατολικού ζητήματος από τον Καποδίστρια. Το Φεβρουάριο του 1822 ο Τσάρος απέστειλε εν αγνοία του Καποδίστρια στη Βιέννη τον Τατίτσεφ με εντολές να εξουσιοδοτήσει τον Μέττερνιχ να διαπραγματευθεί για λογαριασμό της Ρωσίας με την Υψηλή Πύλη. Λίγες μέρες πριν ο Αυστριακός πρεσβευτής είχε παραπονεθεί στον Τσάρο ότι ο Καποδίστριας επίτηδες συκοφαντούσε τον Αυτοκράτορα της Αυστρίας στον Τσάρο προκειμένου να επιτύχει τους σκοπούς του σχετικά με το ανατολικό ζήτημα.
Ο παραγκωνισμός του στην αυλή από τον Νέσελροντ και η συνεχής διαφωνία του με τον Τσάρο τον ανάγκασαν να ζητήσει ιδιαίτερη ακρόαση από τον τελευταίο. Σε αυτή του ανακοίνωσε τη διαφωνία του σχετικά με τη νέα εξωτερική πολιτική. Απότοκος της συζήτησης αυτής ήταν η παραχώρηση άδειας για λόγους υγείας στον Καποδίστρια. Ο Τσάρος απέφυγε να τον απομακρύνει από την θέση του υπουργού εξωτερικών για να μη γίνει γνωστή η διαφωνία τους. Στις 19 Αυγούστου 1822 αναχώρησε από την Αγία Πετρούπολη και λίγους μήνες αργότερα εγκαταστάθηκε στην Γενεύη, όπου έχαιρε ιδιαίτερης εκτίμησης. Εκεί συναναστρεφόταν με τον γνωστό τραπεζίτη Εϋνάρδο και προσπάθησε να βοηθήσει την επαναστατημένη Ελλάδα ενισχύοντας τον φιλελληνισμό. Παράλληλα, πραγματοποιούσε επαφές με διακεκριμένες προσωπικότητες, όπως τον Στράτφορντ Κάνινγκ (Stratford Canning), ξάδερφο του πρωθυπουργού της Μεγάλης Βρετανίας Γεώργιου Κάνινγκ και πρεσβευτή αυτής στην Κωνσταντινούπολη κ.α.

Ο Καποδίστριας και η Επανάσταση

Ο Καποδίστριας ανήκε, τουλάχιστον τυπικά και επισήμως, σ’ εκείνους που πίστευαν ότι δεν είχε έρθει ακόμη η ώρα, δεν είχαν ωριμάσει δηλαδή οι συνθήκες, για την απελευθέρωση των Ελλήνων. Όπως αφηγείται ο ίδιος, το 1818 οι Αλέξανδρος Μαυροκορδάτος και Πανταζόγλου «προσεπάθησαν να μοι αποδείξουν ότι η διατήρησις της μετά των Τούρκων ειρήνης ήτο αδύνατος, και ότι, ως Έλληνες, ήσαν ανυπόμονοι να μάθουν ότι τα Ρωσσικά στρατεύματα ήσαν έτοιμα να διαβούν τον Προύθον».Η απάντησή του ήταν ότι από την ημέρα της ελευθερίας «η κοινή ημών πατρίς ευρίσκεται ακόμη μακράν». Η άρνησή του προς τον Γαλάτη ν’ αναλάβει την αρχή της Φιλικής Εταιρείας μπορεί ν’ αποδοθεί στο ότι το άτομο εκείνο δεν του ενέπνευσε καμιάν εμπιστοσύνη και στο υπόμνημά του ο ίδιος χαρακτηρίζει το Γαλάτη "τυχοδιώκτη". Αλλά και προς τον Ξάνθο η ίδια άρνηση και τα ίδια περίπου λόγια : ν’ αποτραπούν «διά παντός τρόπου οι Έλληνες από των ολεθρίων τούτων βουλευμάτων». Προσπάθησε τέλος να συγκρατήσει τον Αλέξανδρο Υψηλάντη, λέγοντάς του την γνώμη του για τους Εταιριστές : «ωθούν την Ελλάδα προς τον όλεθρον… ελεεινοί…αφαιρούντες νυν το χρήμα των αφελών ψυχών …προφυλαχθήτε από τοιούτους άνδρας». Κι όταν ο Υψηλάντης προχώρησε στην κήρυξη της Επανάστασης, ο Καποδίστριας τον κατηγόρησε ότι με τις «ανόητες προκηρύξεις του» ενίσχυε τις κατηγορίες περί ιακωβινισμού που εκτοξεύονταν από Μέτερνιχ και άλλους. Βέβαια, όταν πια δεν υπήρχε δρόμος επιστροφής, «ηγωνίσθη εκ παντός τρόπου να πείση τον αυτοκράτορα [Αλέξανδρο] εις άμεσον πολεμικήν παρέμβασιν».

Κυβερνήτης της Ελλάδας: Ελληνική Πολιτεία 1828 - 1832

Την ιδέα να κληθεί ο Καποδίστριας ως κυβερνήτης της Ελλάδος την είχε διατυπώσει πρώτος ο Αλέξανδρος Μαυροκορδάτος στην από 27-10-1821 επιστολή του προς τον Δημήτριο Υψηλάντη. Ο Υψηλάντης επίσης υπέγραψε πρόσκληση του Καποδίστρια το 1822 και ο Πετρόμπεης το 1824. Τελικά, στις 30 Μαρτίου 1827, στην Γ΄ εθνοσυνέλευση της Τροιζήνας, εκλέχθηκε ο Καποδίστριας κυβερνήτης της Ελλάδας με θητεία επτά ετών. Σύμφωνα με τις αποφάσεις της συνέλευσης, ο κυβερνήτης θα δεσμευόταν από το σύνταγμα της Επιδαύρου, έτσι όπως θα αναθεωρείτο από τη συνέλευση. Σημαντικό ρόλο στην κλήση του Καποδίστρια στην Ελλάδα διαδραμάτισε και ο Θεόδωρος Κολοκοτρώνης, αρχηγός του Αγγλικού κόμματος τότε, αν και αρχικά ήταν κατά της εκλογής του. Άλλαξε όμως γνώμη στη συνέχεια και ήταν αυτός που υφήρπασε την έγκριση του Άγγλου μοιράρχου Χάμιλτον που είχε και τη σύμφωνη γνώμη του Στράτφορντ Κάνινγκ. Παρά ταύτα η εκλογή του θεωρήθηκε ως ήττα της Αγγλικής εξωτερικής πολιτικής και νίκη της Ρωσίας. Και είναι γεγονός ότι μεταξύ Καποδίστρια και Αγγλίας υπήρχε αμοιβαία δυσπιστία. Πριν δεχθεί την πρόταση που του έγινε, επισκέφθηκε την Πετρούπολη προκειμένου να αποδεσμευθεί επισήμως από την υπηρεσία του Τσάρου. Στη συνέχεια κατευθύνθηκε προς το Λονδίνο, όπου έφτασε σε ατυχή συγκυρία, δεδομένου ότι την επομένη της άφιξής του κηδευόταν ο Τζωρτζ Κάνινγκ. Η υποδοχή που του έγινε εκεί ήταν ψυχρή. Ύστερα από σύντομη παραμονή στο Παρίσι, όπου έγινε θερμά δεκτός, αναχώρησε για την Ελλάδα. Στις 18 Ιανουαρίου 1828 έφτασε στο Ναύπλιο επί του αγγλικού πολεμικού Warspite, όπου έτυχε ενθουσιώδους υποδοχής και τέσσερις μέρες αργότερα στην Αίγινα, πρωτεύουσα του ελληνικού κράτους. Λίγο αργότερα αποφασίστηκε το Ναύπλιο να ξαναγίνει πρωτεύουσα του ελληνικού κράτους.

Εσωτερική πολιτική

Στο εσωτερικό της χώρας ο Καποδίστριας είχε να αντιμετωπίσει την πειρατεία, τους ανύπαρκτους θεσμούς, τη διάλυση του στρατού, καθώς και την κακή οικονομική κατάσταση της χώρας. Μια από τις βασικές προϋποθέσεις που έθεσε για να αναλάβει την ηγεσία του νεοσύστατου ελληνικού κράτους ήταν η αναστολή του συντάγματος και η διάλυση της βουλής, όροι που τελικώς έγιναν αποδεκτοί. Στη θέση της βουλής δημιούργησε το «Πανελλήνιον», ένα γνωμοδοτικό όργανο αποτελούμενο από 27 μέλη με καθαρά διακοσμητικό χαρακτήρα, ενώ τη διακυβέρνηση ανέλαβε η κεντρική γραμματεία, ένα είδος υπουργικού συμβουλίου, διοικούμενο από τον ίδιο. Επίσης, χώρισε τη χώρα σε διοικητικές περιφέρειες. Να σημειωθεί ότι αρχικά είχε δεσμευθεί για τη διενέργεια εκλογών τον Απρίλιο του 1828, στη συνέχεια όμως προχώρησε στην αναβολή αυτών λόγω της χαώδους κατάστασης που επικρατούσε στο εσωτερικό. Όταν αυτές διεξήχθησαν, διατυπώθηκαν βάσιμες κατηγορίες για νοθεία. Αν και κυβερνήτης, ο Καποδίστριας εξελέγη σε 36 περιφέρειες, γεγονός που προκάλεσε την οργή των συνεργατών του, ένας εκ των οποίων, ο Σπυρίδων Τρικούπης, παραιτήθηκε για τον λόγο αυτό από πληρεξούσιος και αναχώρησε για την Ύδρα. Ιδιαίτερη μέριμνα επέδειξε και για τη δημιουργία δικαστηρίων θεσπίζοντας και κώδικα πολιτικής δικονομίας.
Μία από τις πρώτες του κινήσεις ήταν η καταστολή της πειρατείας, έργο το οποίο ανέλαβε με επιτυχία ο Ανδρέας Μιαούλης. Παράλληλα, προχώρησε στην αναδιοργάνωση των ενόπλων δυνάμεων, μετατρέποντας βαθμιαία τα άτακτα στρατεύματα σε τακτικό στρατό, και υπάγοντας τον στόλο στην ουσιαστική δικαιοδοσία της κυβέρνησης, δεδομένου ότι μέχρι τότε τα πλοία ήταν ιδιοκτησία των καραβοκυραίων. Με αυτόν τον τρόπο προσπάθησε να προστατέψει τα σύνορα και να μειώσει την επιρροή των μέχρι τότε τοπαρχών («μίαν ευχήν διαβιβάζουσί μοι αι επαρχίαι, την διά παντός απαλλαγήν αυτών από της τυραννίας των προυχόντων και των οπλαρχηγών»). Στην προσπάθεια αναδιοργάνωσης του στρατού περιλαμβάνεται και η ίδρυση της Στρατιωτικής Σχολής Ευελπίδων. Ίδρυσε Εθνικό Νομισματοκοπείο και καθιέρωσε τον φοίνικα ως εθνικό νόμισμα, αντικαθιστώντας το Τουρκικό γρόσι. Όσον αφορά στην εκπαίδευση κατασκεύασε νέα σχολεία, εισήγαγε τη μέθοδο του αλληλοδιδακτικού σχολείου, ίδρυσε εκκλησιαστική σχολή στον Πόρο, καθώς και το Ορφανοτροφείο Αίγινας σε μια προσπάθεια να οργανώσει το σχεδόν ανύπαρκτο εκπαιδευτικό σύστημα. Δεν ίδρυσε όμως πανεπιστήμιο, καθώς θεωρούσε ότι έπρεπε να υπάρξουν πρώτα απόφοιτοι μέσης εκπαίδευσης. Στο πρόβλημα της διανομής της εθνικής γης ο Καποδίστριας δεν κατάφερε να βρει λύση κι έτσι εκατομμύρια στρέμματα παρέμειναν στους μεγαλοϊδιοκτήτες (κοτζαμπάσηδες και Εκκλησία). Μερίμνησε επίσης για την ανοικοδόμηση του Μεσολογγίου και των Πατρών, όπου έστειλε τον Κερκυραίο αρχιτέκτονα Σταμάτη Βούλγαρη. Σημαντική ήταν και η συμβολή του στο εμπόριο με την παραχώρηση δανείων στους νησιώτες για την αγορά πλοίων και την κατασκευή ναυπηγείων στον Πόρο και το Ναύπλιο. Τον Οκτώβριο του 1829 ίδρυσε το πρώτο αρχαιολογικό μουσείο στην Αίγινα.
Όσον αφορά στην ελληνική οικονομία, ο Καποδίστριας επέδειξε ιδιαίτερο ενδιαφέρον για τη γεωργία, βασική πηγή πλούτου της Ελλάδας. Ίδρυσε τη Γεωργική Σχολή της Τίρυνθας και έγινε η πρώτη απόπειρα για την καλλιέργεια πατάτας. Στον Καποδίστρια αποδίδεται ένας τρόπος για την εισαγωγή της καλλιέργεια της πατάτας, ο οποίος αποδίδεται επίσης και στον Φρειδερίκο το Μεγάλο της Πρωσσίας το 1774, κάτι που παραμένει περίφημο ανέκδοτο σήμερα: Παραγγέλλοντας ένα φορτίο πατάτες, πρώτα διέταξε ότι πρέπει να προσφερθούν σε όποιον θα ενδιαφερόταν. Όμως οι πατάτες αντιμετωπίστηκαν με αδιαφορία από τον πληθυσμό και ολόκληρο το σχέδιο φάνηκε να αποτυχαίνει. Όμως ο Καποδίστριας, έχοντας γνώση των ελληνικών συνηθειών, διέταξε ολόκληρη η αποστολή των πατατών να ξεφορτώνεται σε δημόσια επίδειξη στις αποβάθρες του Ναυπλίου, αλλά να φυλάσσονται από φαινομενικά αυστηρές φρουρές. Σύντομα, κυκλοφόρησαν φήμες για τις πατάτες, ότι, αφού τόσο καλά φρουρούνταν, έπρεπε να είναι μεγάλης σπουδαιότητας. Και αφού ήταν έτσι, κάποιοι δοκίμαζαν να τις κλέψουν. Οι φρουρές είχαν διαταχθεί εκ των προτέρων να κάνουν με τρόπο τα στραβά μάτια και να επιτρέπουν ουσιαστικά την κλοπή. Έτσι, αναφέρει η ιστορία - αστικός μύθος - σύντομα όλες οι πατάτες του φορτίου είχαν κλαπεί και το σχέδιο του Καποδίστρια να τις εισαγάγει στην Ελλάδα είχε πετύχει. Προσπαθώντας να ενισχύσει την ελληνική οικονομία ίδρυσε την «Εθνική Χρηματιστική Τράπεζα», η οποία όμως απέτυχε, καθώς το δημόσιο εκμεταλλευόταν χωρίς όρους τα χρήματα των καταθέσεων.
Αν και δημιούργησε ελληνικό και γαλλικό τυπογραφείο στην Αίγινα, πραγματοποίησε διώξεις εναντίον του Τύπου. Χαρακτηριστικά παραδείγματα είναι οι περιπτώσεις των εφημερίδων Ανεξάρτητος, Ηώςκαι Απόλλων, που είτε έκλεισαν λόγω αντικυβερνητικών θέσεων είτε οι εκδότες του διώχθηκαν. Σφοδρή κριτική υπήρξε και για την τοποθέτηση των δύο αδερφών του, Βιάρου και Αυγουστίνου στις δύο κορυφαίες θέσεις, αυτές του αρχιναυάρχου και αρχιστράτηγου αντίστοιχα. Κατά γενική ομολογία και οι δύο θεωρούντο ακατάλληλοι για τις θέσεις αυτές, ενώ κάποιοι ιστορικοί φτάνουν στο σημείο να θεωρούν ότι έπαιξαν καθοριστικό ρόλο στην πτώση του κυβερνήτη.

Εξωτερική πολιτική

Ερχόμενος στην Ελλάδα, ο Καποδίστριας δεν ήταν καθόλου ευχαριστημένος με το πρωτόκολλο της 18ης Νοεμβρίου 1828 που έθεταν το Μοριά και τις Κυκλάδες υπό την προσωρινή εγγύηση των συμμάχων. Με τον φόβο ότι οι Άγγλοι θα περιόριζαν την Ελλάδα σε αυτά τα σύνορα, οργάνωσε τακτικό στρατό συνεχίζοντας τον πόλεμο με την Οθωμανική Αυτοκρατορία. Όσον αφορά στην επιλογή του ηγεμόνα, ο Καποδίστριας πρότεινε τον Λεοπόλδο του Saxe-Coburg, ο οποίος όμως παραιτήθηκε από τη διεκδίκηση του θρόνου λόγω διαφωνιών για τα σύνορα. Αρκετοί ιστορικοί θεωρούν ότι ο Καποδίστριας επίτηδες απομάκρυνε τον Λεοπόλδο από τον θρόνο, ενώ άλλοι υποστηρίζουν είτε ότι δεν αντιτάχθηκε στον ερχομό του. Γεγονός όμως είναι ότι όσοι ζητούσαν να έλθει ο Λεοπόλδος αντιμετώπισαν έντονη κυβερνητική δυσμένεια. Παράλληλα οι ελληνικές επιχειρήσεις στη Στερεά Ελλάδα συνεχίζονταν, καθώς και η προέλαση των Ρώσων προς την Κωνσταντινούπολη. Ανήσυχη από τις επιτυχίες της Ελλάδας και της Ρωσίας η Μεγάλη Βρετανία έσπευσε να συμφωνήσει στη συνοριακή γραμμή Άρτας - Βόλου. Μετά από διαπραγματεύσεις υπογράφηκε το πρωτόκολλο του Λονδίνου, με το οποίο αναγνωριζόταν η ανεξαρτησία της Ελλάδας, η οποία θα επεκτεινόταν νότια της συνοριακής γραμμής που όριζαν οι ποταμοί Αχελώος και Σπερχειός.
Κατά τη διάρκεια της διακυβέρνησής του, ο Καποδίστριας λόγω της ισχνής οικονομικής κατάστασης του κράτους επιχείρησε να συνάψει δάνειο με τράπεζες του εξωτερικού, προσπάθεια που δεν ευόδωσε λόγω των αντιδράσεων της Μεγάλης Βρετανίας. Παρόλα αυτά η Ρωσία και η Γαλλία ανέλαβαν να ενισχύσουν οικονομικά την Ελλάδα, ενώ ιδιαίτερη φροντίδα επέδειξε ο Τσάρος αποστέλλοντας 3.750.000 γαλλικά φράγκα.

Αντιπολίτευση και Δολοφονία

Πέραν των πιεστικότατων οικονομικών, κοινωνικών και διπλωματικών προβλημάτων, ο Καποδίστριας είχε να αντιμετωπίσει δύο σημαντικά εμπόδια στην πολιτική του για την οικοδόμηση του νεοπαγούς ελλαδικού κράτους: πρώτον την εχθρότητα Γαλλίας και Αγγλίας, τα γεωστρατηγικά συμφέροντα των οποίων στην Ανατολική Μεσόγειο κινδύνευαν από την προοπτική δημιουργίας ενός νέου και δυναμικού ναυτικού και εμπορικού κράτους έξω από τον έλεγχό τους, ή χειρότερα, υπό την επιρροή της Ρωσίαςˑ δεύτερον, τους φατριασμούς και τα τοπικιστικά, οικονομικά και πολιτικά συμφέροντα των κοτζαμπάσηδων, Φαναριωτών και πλοιοκτητών, οι οποίοι και επεδίωκαν διατήρηση των προνομίων και συμμετοχή στη νομή της εξουσίας. Εν τέλει ο συνδυασμός των παραπάνω παραγόντων προετοίμασε το έδαφος και οδήγησε στην πολιτική και φυσική εξόντωση του πρώτου Κυβερνήτη της Ελλάδας στις 9 Οκτωβρίου 1831 (27 Σεπτεμβρίου 1831 με το Ιουλιανό ημερολόγιο).
Προκειμένου να διαχειρισθεί αποτελεσματικά την τραγική οικονομική και κοινωνική κατάσταση του νέου κράτους, ο Καποδίστριας προέκρινε ένα συγκεντρωτικό μοντέλο εξουσίας, ώστε να διατηρήσει άμεσα τον πολιτικό έλεγχο. Την αντιπολίτευση κατά του Καποδίστρια απάρτιζαν οι παραμερισμένοι από την εξουσία κοτζαμπάσηδες και πλοιοκτήτες. Ο συγκεντρωτισμός που επέδειξε ο Καποδίστριας παραμερίζοντας τις τοπικές αρχές και διορίζοντας σε θέσεις κλειδιά τα δύο αδέρφια του, Αυγουστίνο και Βιάρο Καποδίστρια, τον οδήγησαν σε σύγκρουση με τις προαναφερθείσες ομάδες συμφερόντων. Το κέντρο του αντικαποδιστριακού αγώνα έγινε η Ύδρα, έδρα των πλοιοκτητών και πιο συγκεκριμένα της οικογένειας Κουντουριώτη που είχε με το μέρος της τους αγωνιστές Μιαούλη, Σαχτούρη, Τομπάζη, Κριεζήδες. Βασικός λόγος για την αντίδραση των Υδραίων πλοικτητών ήταν η απαίτηση τους για την «άνευ αναβολής» καταβολή αποζημιώσεων για τις μεγάλες ζημιές και απώλειες των πλοίων τους κατά τη διάρκεια της Επανάστασης. Αναγνώριζοντας αμέσως το δίκαιο αίτημα, ο Κάποδίστριας υποσχέθηκε ότι μόλις θα βελτιωνόταν τα οικονομικά της χώρας, η Ύδρα θα έπαιρνε «το μερίδιόν της καθ’ όσον το δίκαιον απαιτούσε». Οι Υδραίοι, όμως, απαιτούσαν την καταβολή αυτών των αποζημιώσεων άμεσα, πράγμα που ήταν αδύνατον λόγω της οικτρής οικονομικής κατάστασης του κράτους. Στην Ύδρα, επιπλέον, κατέφυγαν ο ηγέτης του "αγγλικού κόμματος"Αλέξανδρος Μαυροκορδάτος και οι Σπυρίδων Τρικούπης, Αναστάσιος Πολυζωίδης και Αλέξανδρος Σούτσος, έχοντας την ηθική συμπαράσταση του φιλογάλλου Κοραή. Όργανο της αντιπολιτευτικής αυτής ομάδας ήταν η εφημερίδα Απόλλωντου Πολυζωίδη. Η Γαλλία και η Αγγλία, θεωρώντας τον Καποδίστρια ως φίλα προσκείμενο στη Ρωσία, ενθάρρυναν τους αντιπολιτευόμενους.
Την 14η Ιουλίου 1831, οι Μιαούλης και Κριεζής με 200 Υδραίους στρατιώτες κατέλαβαν τον ναύσταθμο στον Πόρο επειδή έμαθαν ότι ο στόλος ήταν έτοιμος να κινηθεί κατά της Ύδρας. Αμέσως έσπευσαν οι αντιπρέσβεις των τριών μεγάλων δυνάμεων προκειμένου να διαπραγματευθούν. Οι Άγγλοι και οι Γάλλοι αιφνιδιάζοντας τους εξεγερμένους τάχθηκαν υπέρ της νόμιμης κυβέρνησης και απαίτησαν την παράδοση των επαναστατών. Έτσι, ο αγγλικός, ο γαλλικός και ο ρωσικός στόλος είχαν αποκλείσει τα λιμάνια του Πόρου και της Ύδρας ώστε να μην επιτραπεί η ένωση των στόλων των επαναστατών. Ο ελλιμενισμένος εθνικός στόλος στον Πόρο ήταν υπό την αρχηγία πλέον του Μιαούλη ενώ μια μικρή μοίρα ήταν υπο την αρχηγία του Κανάρη, που δεν δεχόταν να υπακούσει στους επαναστάτες. Και ενώ ο Άγγλος και ο Γάλλος ναύαρχος κωλυσιεργώντας, έπλευσαν προς το Ναύπλιο για να συσκεφθούν με τους αντιπρέσβεις, ο Ρώσος ναύαρχος Ρίκορντ ανέλαβε να εφαρμόσει, μόνος αυτός, τις οδηγίες του Καποδίστρια. Απέκλεισε τους αντάρτες, ήρθε σε προστριβές μαζί τους, τίναξε στον αέρα τη «Νήσο των Σπετσών», αιχμαλώτισε ένα ακόμη πλοίο και τελικά εξώθησε τον Μιαούλη στο «Μεγαλουργόν έγκλημα». Το πρωί της 1ης Αυγούστου 1831 ο Μιαούλης, όπως είχε προειδοποιήσει τον Ρίκορντ, ανατίναξε δύο από τα πιο σύγχρονα τότε πλοία του ελληνικού ναυτικού, την φρεγάτα «Ελλάς» και την κορβέτα «Ύδρα». Ο Δ. Χοϊδάς, σε επιστολή του προς τον Αυγουστίνο Καποδίστρια, από την Τρίπολη, στις 10 Αυγούστου 1831, ανάμεσα σε πολλές άλλες σημαντικές πληροφορίες για την τραγική κατάσταση που επικρατούσε σε όλη τη χώρα, του έγραφε ότι οι Υδραίοι έλεγαν ότι «την φρεγάδαν (Ελλάς) την έκαυσαν δι ‘ αδείας του πρέσβεως της Αγγλίας, όστις τους υπεσχέθη ότι τους δίδει άλλην»και η αστυνομία του Ναυπλίου είχε πλη­ροφορίες «ότι οι δύο πρέσβεις (Αγγλίας και Γαλλίας) έλαβαν μέρος με τους Υδραίους και ότι έγραψαν εις τον Ρίκορδ[29] να παύσει από τας κατ’ αυτών εχθροπραξίας του έως ότου να έλθει ο παρά των τριών δυνάμεων απεστελλόμενος πληρεξούσιος, όστις είναι ο ναύαρχος Άγγλος, της μοί­ρας τον Αιγαίον πελάγους…».Και πρόσθετε ότι στην ‘Υδρα είχαν κα­ταφθάσει «δύο πλοία γαλλικόν και αγγλικόν… και οι δύο ναύαρχοι (ο Άγγλος και ο Γάλλος) με τρόπον προσφέρουσι βοηθήματα εις την Ύδραν και τους λέγουσι να επιμένουν εις τον σκοπόν των και να μη φοβώνται διόλου, διότι επιτυγχάνουσι το ποθούμενον…».
Ο ίδιος ο Καποδίστριας είχε γνώση για τους σχεδιασμούς των συγκεκριμένων ξένων δυνάμεων εναντίον του. Στις 31 Ιουλίου 1831, σε επιστολή του προς τον Γάλλο ναύαρχο Lalande, που υπηρετούσε στην Ελλάδα, του αποκάλυψε ότι γνώριζε όλες τις δολοπλοκίες των Άγγλων και των Γάλλων, με τρόπο που καταπλήσσει: «Εγώ δε, και τις δολοπλοκίες όλων σας τις εγνώριζα, αλλά έκρινα ότι δεν έπρεπε με κανένα τρόπο να κόψω το νήμα της συνεργασίας μαζί σας, γιατί έδινα προτεραιότητα στην ανόρθωση και στην ανασυγκρότηση της Ελλάδος. Αν έκοβα τις σχέσεις με τις λεγόμενες «προστάτιδες» Δυνάμεις, τούτο θα ήταν εις βάρος της Ελλάδος και δεν ήθελα με κανένα τρόπο να προσθέσω βάρος και στη συνείδησή μου. Και άφησα τα πράγματα να λαλήσουν μόνα τους...». Στις 14 Σεπτεμβρίου 1831, έστειλε στον Έλληνα πρέσβυ στο Παρίσι πρίγκηπα Α. Σούτσο επιστολή με την οποία, με εθνική αγανάκτηση, διαμαρτύρεται και του ζητά να προβεί σε σχετικά διαβήματα στη γαλλική κυβέρνηση, για την πρωτοφανή και ανεπίτρεπτη ανάμιξη των Γάλλων και των Άγγλων αξιωματικών στις φοβερές αντικυβερνητικές ενέργειες της Ύδρας και της Μάνης και για την απροκάλυπτη σύμπραξη και τη βοήθειά τους προς τους ταραχοποιούς.
Ήδη, από το το προηγούμενο έτος 1830 είχε ξεσπάσει ανταρσία στη Μάνη υπό την ηγεσία του Τζανή Μαυρομιχάλη, αδελφού του Πετρόμπεη. Ο τελευταίος ετέθη σε περιορισμό στο Ναύπλιο, ζήτησε να πάει στη Μάνη για να την ησυχάσει, το αίτημά του δεν έγινε δεκτό, αποπειράθηκε να διαφύγει με αγγλικό πλοίο, συνελήφθη και φυλακίστηκε. Βαρέως φέροντες τη μεταχείριση αυτή του αρχηγού της οικογενείας τους και μέσα στο τεταμένο και από τα γεγονότα του Πόρου κλίμα, οι Κωνσταντίνος και Γεώργιος Μαυρομιχάλης, αδερφός και γιος του Πετρόμπεη αντίστοιχα εφάρμοσαν το μανιάτικο έθιμο της βεντέτας. Το πρωί της 27ης Σεπτεμβρίου 1831 με το Ιουλιανό ημερολόγιο (δηλαδή στις 9 Οκτωβρίου 1831) έξω από την εκκλησία του Αγίου Σπυρίδωνος πυροβόλησαν και μαχαίρωσαν θανάσιμα τον κυβερνήτη Ιωάννη Καποδίστρια, καθώς πήγαινε να παρακολουθήσει την κυριακάτικη θεία λειτουργία. Τον Καποδίστρια συνόδευε ο Κρητικός μονόχειρας σωματοφύλακάς του, Γεώργιος Κοκκώνης, ο οποίος πυροβόλησε τον Κωνσταντίνο Μαυρομιχάλη. Τον τελευταίο τον αποτελείωσε ο όχλος, το δε πτώμα του πετάχθηκε στο λιμάνι. Ο Γεώργιος Μαυρομιχάλης κατέφυγε στη γαλλική πρεσβεία, από όπου και παραδόθηκε στις αρχές για να δικαστεί ύστερα από την επιμονή του πλήθους που είχε συγκεντρωθεί και απειλούσε να κάψει την πρεσβεία. Τελικώς καταδικάστηκε σε θάνατο και τουφεκίστηκε λίγες μέρες αργότερα. Ο τραγικός θάνατος του Καποδίστρια βύθισε σε θλίψη τον γεωργικό πληθυσμό, ενώ αντίθετα στην Ύδρα δέχτηκαν την είδηση με πανηγυρισμούς.
Υποστηρίζεται ότι καταλυτικό ρόλο στην δολοφονία του διαδραμάτισαν οι ξένες δυνάμεις. Είναι δε χαρακτηριστικό, ότι παρά την παρέλευση τόσο μεγάλου χρονικού διαστήματος, ο φάκελος για τη δολοφονία του Καποδίστρια στα βρετανικά αρχεία παραμένει ακόμη απόρρητος. Στο σχεδιασμό της συνομωσίας φαίνεται πως πρωτοστάτησε ο Γάλλος στρατηγός Gerard, διοικητής τότε του τακτικού στρατού που επιχείρησε να οργανώσει ο ίδιος ο Καποδίστριας. Δύο ολόκληρους μήνες πριν από τη δολοφονία, οι αξιωματικοί του γαλλικού εκστρατευτικού σώματος στην Πελοπόννησο στις μεταξύ τους συζητήσεις δεν αμφέβαλλαν καθόλου, ότι πλησίαζε η ημέρα της δολοφονίας ή απλώς της ανατρόπής του Κυβερνήτη.
Από τους δολοφόνους αδελφούς, ο Κωνσταντίνος Μαυρομιχάλης λίγο πριν πεθάνει από τη πιστολιά του φρουρού του Καποδίστρια , ζητώντας έλεος είπε στους αστυνομικούς : ''Δεν φταίω εγώ στρατιώται, άλλοι με έβαλαν".Προς τη κατεύθυνση της εμπλοκής της Γαλλίας συναινεί και η μαρτυρία που μεταφέρει ο ιστορικός και αγωνιστής Νικόλαος Κασομούλης, ότι ο έτερος εκτελεστής του Κυβερνήτη Γεώργιος Μαυρομιχάλης κατέφυγε στο σπίτι του πρέσβυ της Γαλλίας βαρώνου Ρουάν ,δηλώνοντάς του : "Σκοτώσαμε τον τύραννο. Μπιστευόμαστε την τιμή της Γαλλίας. Να τα άρματά μας".
Η απόφαση του Γάλλου πρέσβυ Ρουάν να παράσχει άσυλο στον Γεώργιο Μαυρομιχάλη και η αρχική άρνησή του να τον παραδώσει με προφάσεις (όπως την επίδειξη εντάλματος σύλληψης) απετέλεσε χαρακτηριστική και απροκάλυπτη παροχή πολιτικής προστασίας και κάλυψης του εγκλήματος. Πάντως, παρά την προσπάθεια κωλυσιεργείας, υπό την απειλή του εξεγερμένου λαού που είχε περικυκλώσει την πρεσβεία, ο Ρουάν αναγκάστηκε να παραδώσει τον Γεώργιο Μαυρομιχάλη στις αρχές. Οι αντιπρόσωποι της Γαλλίας συνέχισαν να παρέχουν υποστήριξη προς τους δολοφόνους του Κυβερνήτη, ακόμη και κατά τη διάρκεια της δίκης που ακολούθησε. Αξιοσημείωτη και αποκαλυπτική είναι, επίσης, και η στάση του πρέσβυ της Αγγλίας, ο οποίος αμέσως μετά την δολοφονία του Καποδίστρια, ζήτησε να ληφθούν αυστηρά μέτρα κατά του εξεγερμένου λαού, ακόμη και καταστολή με τη χρήση όπλων, απειλώντας την τριμελή προσωρινή Διοικητική επιτροπή (που απαρτιζόταν από τους Αυγουστίνο Καποδίστρια, Θεόδωρο Κολοκοτρώνη και Ιωάννη Κωλέττη), ακόμη και με αποχώρηση και διακοπή των διπλωματικών σχέσεων. Αρκετά αργότερα, το 1840 ο ίδιος ο Πετρόμπεης Μαυρομιχάλης, ακούγωντας κάποιον να κατηγορεί τον Καποδίστρια, φέρεται να είπε τούτα τα λόγια: ‘Δεν μετράς καλά φιλόσοφε… Ανάθεμα στους Αγγλογάλλους που ήσαν η αιτία κι εγώ έχασα τους δικούς μου, και το Έθνος έναν άνθρωπο που δε θα τονε μεταβρει και το αίμα του με παιδεύει ως τώρα…’  Για την δολοφονία του Καποδίστρια ο Ελβετός φιλέλληνας Ι.Γ. Εϋνάρδος είπε: «Όστις δολοφόνησε τον Καποδίστρια, δολοφόνησε την πατρίδα του. Ο θάνατός του είναι συμφορά για την Ελλάδα και δυστύχημα ευρωπαϊκόν.»
Μετά τη δολοφονία του Ιωάννη Καποδίστρια, τη θέση του κυβερνήτη ανέλαβε για κάποιο διάστημα ο αδερφός του, Αυγουστίνος Καποδίστριας, ως πρόεδρος της προαναφερθείσας Διοικητικής Επιτροπής που διόρισε η Γερουσία. Τη σορό του Καποδίστρια την μετέφερε ο αδερφός του στην Κέρκυρα, όπου και ενταφιάστηκε στη Μονή Πλατυτέρας. Ως κυβερνήτης ο Καποδίστριας αρνήθηκε να δεχθεί μισθό, όπως επίσης αρνήθηκε χρηματική αποζημίωση από τον Τσάρο για να μην κατηγορηθεί από τους αντιπάλους του για μεροληψία απέναντι στη Ρωσία, ενώ διέθεσε όλη του την περιουσία για τους σκοπούς του κράτους.

Κριτική και Τιμές

Σχετικά με την προσωπικότητα του Καποδίστρια έχουν εκφραστεί από τους ιστορικούς αντικρουόμενες απόψεις. Ο κόμης Γκομπινό τον συγκαταλέγει στους τρεις μεγαλύτερους διπλωμάτες της εποχής μαζί με τον Μέττερνιχ και τον Ταλλεϋράνδο, ο Χέρτσμπεργκ αναφέρει ότι ήταν διπλωμάτης δεξιώτατος. Ο Γιάννης Κορδάτος τον χαρακτηρίζει τυφλό όργανο των Ρώσων, ενώ ο Κάρλ Μάρξ τον χαρακτηρίζει πολιτικά ανυπόληπτο. Αντίθετα, ο Τάσος Βουρνάς εκφράζεται θετικά ως προς το έργο του, όπως και οι Καρολίδης και Διονύσιος Κόκκινος, ένας εκ των φανατικότερων υποστηρικτών του. Με την άποψη ότι ο Καποδίστριας ήταν εκτελεστικό όργανο των Ρώσων διαφωνεί και ο Douglas Dakin.Ο Σπυρίδων Μαρκεζίνης χαρακτηρίζει το έργο του αξιόλογο αλλά όχι αξιέπαινο, ο Σπυρίδων Τρικούπης, στενός συνεργάτης του Καποδίστρια, εκφράζεται μεν θετικά, δεν παραλείπει όμως να τον κατηγορήσει για την κατάλυση του συντάγματος. Σε γενικές γραμμές οι περισσότεροι ιστορικοί θεωρούν σημαντικό το έργο του Καποδίστρια, χωρίς να παραλείπουν να αναφέρουν όμως την αυταρχικότητα με την οποία άσκησε την εξουσία. Η φιλοπατρία του μάλιστα αναγνωρίζεται από σχεδόν όλους τους ιστορικούς. Σχετικά με τη φιλοπατρία του ο Τάκης Σταματόπουλος συμπεραίνει πώς για να είμαστε δίκαιοι δεν μπορούμε να αρνηθούμε την αγαθή πρόθεσή του, την καταπληχτική και φιλότιμη εργατικότητά του να δημιουργήσει κράτος από το χάος.
Είχε τιμηθεί πλείστες φορές από τον Τσάρο Αλέξανδρο και είχε ανακηρυχθεί επίτιμος δημότης των καντονίων Βω και Λωζάνης. Σήμερα πολλοί δρόμοι και πλατείες φέρουν το όνομά του. Ο Κρατικός Αερολιμένας Κερκύρας ονομάζεται «Ιωάννης Καποδίστριας», ενώ από το 1911, κατόπιν επιθυμίας του ευεργέτη Ιωάννη Δόμπολη, το εθνικό πανεπιστήμιο Αθηνών μετονομάστηκε σε «Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών» και στα προπύλαια μάλιστα υπάρχει ανδριάντας του. Επίσης, η μορφή του Καποδίστρια απεικονίζεται στο κέρμα των 20 λεπτών (υπομονάδα του ευρώ) της ελληνικής έκδοσης, όπως και στο χαρτονόμισμα των 500 δραχμών (1983 - 2001). «Ι. Καποδίστριας» (ή Σχέδιο Καποδίστρια) ονομάζεται και το πρόγραμμα σχετικά με τις μεταρρυθμίσεις στην τοπική αυτοδιοίκηση που ξεκίνησε με πρωτοβουλία της κυβέρνησης Σημίτη. Στις 21 Σεπτεμβρίου 2009 πραγματοποιήθηκαν τα αποκαλυπτήρια προτομής του Καποδίστρια στη Λωζάννη της Ελβετίας παρουσία της Ελβετίδας υπουργού Εξωτερικών Μισελίν Καλμί - Ρέι και του Ρώσου ομολόγου της Σεργκέι Λαβρόφ. Ανδριάντας υπάρχει επίσης στην κεντρική πλατεία της πόλης Capo d' Istria της Σλοβενίας.
Στο εξοχικό της οικογένειας Καποδίστρια, το οποίο δωρήθηκε από τη δισέγγονη του Γεωργίου Καποδίστρια, αδερφού του κυβερνήτη, Μαρία Δεσσύλα - Καποδίστρια, στη θέση Κουκουρίτσα της Κέρκυρας λειτουργεί το μουσείο Ιωάννη Καποδίστρια, όπου φυλάσσονται κειμήλια της οικογένειας και προσωπικά του αντικείμενα. Στο Εθνικό Ιστορικό Μουσείο στην Αθήνα φιλοξενούνται επίσης προσωπικά αντικείμενα του κυβερνήτη, καθώς και το γραφείο του.