Ο Σύνδεσμος Οπαδών Θύρας 13 ιδρύθηκε το 1966 από τον Απόστολο Ιωαννίδη στο Μεταξουργείο και αποτελεί τον πρώτο σοβαρό φορέα οργανωμένων οπαδών του Παναθηναϊκού και οποιασδήποτε άλλης ελληνικής ομάδας. Η ονομασία του συνδέσμου προήλθε, φυσικά, από το μέρος του γηπέδου του Παναθηναϊκού στο οποίο συγκεντρώνονταν οι πιο φανατικοί και ενθουσιώδεις οπαδοί.
Ένα χρόνο αργότερα, στις 16 Μαρτίου 1967 εγκρίνεται από το πρωτοδικείο και το καταστατικό της Θύρας 13 και ο σύνδεσμος αποκτά και επίσημη μορφή.
Ήταν μία εποχή που τα γήπεδα ήταν σχετικά ήρεμα και δεν παρουσιάζονταν επεισόδια εκτός από μεμονωμένες περιπτώσεις. Ο κόσμος τότε, πήγαινε να παρακολουθήσει ποδόσφαιρο και τίποτε παραπάνω. Εκείνο τον καιρό εκτός από τον σύνδεσμο της Θύρας 13 λειτουργούσαν και άλλοι σύνδεσμοι με την ονομασία της περιοχής τους. Φυσικά, γίνονταν και τότε εκδρομές τόσο στην Ελλάδα όσο και στο εξωτερικό. Χαρακτηριστικό παράδειγμα είναι η εκδρομή στο Γουέμπλεϋ και στο Βελιγράδι το 1971 όπου χιλιάδες μέλη της Θύρας 13 ακολούθησαν την ομάδα τους στο εξωτερικό.
Προς τα μέσα και ιδιαίτερα προς το τέλος της δεκαετίας του '70 καθώς και στις αρχές του '80 τα δεδομένα στο ποδοσφαιρικό κοινό αλλάζουν. Είναι μια εποχή που η μεταπολίτευση, η κόντρα με το καθεστώς, οι μουσικές επιδράσεις της εποχής επηρεάζουν έντονα την κοινωνία και φυσικά και το ποδοσφαιρικό κοινό. Έτσι, το ποδοσφαιρικό πλήθος αλλάζει συμπεριφορά προς το χειρότερο, έναντι των αντίπαλων οπαδών που μέχρι τότε κάθονταν αναμεταξύ τους. Άλλωστε, τα φαινόμενα βίας σ'ολόκληρη την Ευρώπη και ιδιαίτερα στην Αγγλία ήταν πλέον συχνά και επακόλουθο ήταν να επηρεάσουν και τους δικούς μας οπαδούς. Συχνά, τα μεμονωμένα επεισόδια γενικεύονται και η ένταση κλιμακώνεται. Στις εκδρομές και ιδιαίτερα στις μικρές επαρχιακές πόλεις η κατάσταση γίνεται ανεξέλεγκτη και πέφτει άγριο ξύλο. Φυσικά, αστυνομική δύναμη δεν υπάρχει, όπως γίνεται σήμερα, αλλά μόνο η χωροφυλακή. Έτσι, λοιπόν, τα επεισόδια άρχισαν να γίνονται συνηθισμένο φαινόμενο στις πόλεις που αγωνιζόταν ο Παναθηναϊκός.
Από εκείνα τα χρόνια και έπειτα, το όνομα της Θύρας 13 θα πάρει μια διαφορετική διάσταση στις τάξεις των οπαδών της ομάδας. Λειτουργεί, πλέον, σαν κάτι πιο γενικό. Περιλαμβάνει όλους τους οπαδούς που έχουν τον Παναθηναϊκό σαν ιδεολογία, σαν τρόπο ζωής. Όλους αυτούς που θα κάνουν τη διαφορά σ'ένα γήπεδο, που θα αντιμετωπίσουν τους αντίπαλους οπαδούς. Τα κατορθώματά της εκείνο τον καιρό καθώς και τα επόμενα χρόνια θα είναι πολλά. Σ'όλα τα γήπεδα της επαρχίας και της Αθήνας η παρουσία της θα είναι συγκλονιστική, το ίδιο και στα παιχνίδια της Λεωφόρου, ιδιαίτερα στα ευρωπαϊκά. Αξέχαστη θα μείνει η εξέδρα με την Γιουβέντους το 1980-81 (4-2) όπου για πρώτη φορά η οργάνωση της κερκίδας θα γίνει από το κάτω μέρος της κερκίδας και η 13 θα αποτελέσει ολόκληρη έναν τεράστιο πυρήνα φωνών και συνθημάτων.
Το 1981 ο Γιώργος Βαρδινογιάννης για να αποτρέψει τα επεισόδια στους αγωνιστικούς χώρους δημιούργησε την ΠΑ.ΛΕ.ΦΙ.Π. και την αναγνώρισε ως μοναδικό επίσημο σύνδεσμο του Παναθηναϊκού. Το 1986 μέλη της ΠΑ.ΛΕ.ΦΙ.Π. ιδρύουν το Green Club που μετέπειτα ονομάστηκε Green Cockney Club, το 1988 ιδρύθηκε ο σύνδεσμος των Mad Boys και το 1994 οι Athens Fans. Το 1998 ο Γιώργος Βαρδινογιάννης επέστρεψε στην παλαιότερη απόφασή του και έδωσε και πάλι στην ΠΑ.ΛΕ.ΦΙ.Π. το προνόμιο του μοναδικού συνδέσμου του Παναθηναϊκού. Το 2006 μετά από συνεργασία του συνδέσμου Athens Fans και ανεξαρτήτων συνδέσμων δημιουργήθηκε ο Ενιαίος Φορέας Συνδέσμων Θύρας 13. Η έδρα του Ενιαίου Φορέα βρίσκεται στη Λεωφόρο Αλεξάνδρας 200 μέτρα μακρυά από το Γήπεδο Απόστολος Νικολαΐδης.